نوید افکاری در آخرین مکالمه تلفنی با برادرش ساعاتی قبل از اجرای حکم اعدام ضمن اشاره به شکنجه و ضرب و شتم خود توسط برخی مسئولان زندان، نشان می‌دهد که او از اجرای حکم خود خبر نداشته است.
در این تماس تلفنی که ساعت 11:23 دقیقه شامگاه جمعه 11 سپتامبر انجام شد، نوید افکاری به فردی به نام «خادم‌الحسینی» رئیس گارد زندان عادل آباد شیراز، اشاره می‌کند که همراه با چند سرباز او را کتک زده‌اند.
انتشار این فایل صوتی به شدت به ابهام در مورد «چگونگی اعدام یا کشته‌شدن او زیر شکنجه»، می‌افزاید.
برخلاف ادعای حکومت ایران که اعلام کرده بود در معاینه پزشکی قانونی نوید افکاری هیچ آسیبی ندیده او در این مکالمه تلفنی تصریح کرد که «10 الی 15 نقطه از بدنش آسیب دیده و پزشکی قانونی همه را ثبت کرده و عکس گرفته است». به گفته نوید افکاری «در این بازدید موسوی رئیس دادگستری و چند پزشک از پزشکی قانونی حضور داشتند و هر سه برادر افکاری را معاینه کردند.»
بنا بر محتوای این مکالمه به نوید افکاری گفته شده بود که هر سه برادر فردا به تهران منتقل خواهند شد. همچنین نوید افکاری در این تماس اعلام کرده که در بند عبرت نبوده و در زیر زمین زندان عادل‌آباد شیراز به سر می برده است.
کمتر از یک ماه قبل نوید افکاری از معترضان مرداد 97 در شیراز که به اعدام محکوم شد در نامه و فایل‌های صوتی از شکنجه خود برای اخذ اعترافات اجباری برای پذیرش اتهام «قتل حسن ترکمان کارمند حراست آبفای شیراز» خبر داد و برادرش وحید نیز جزییاتی از این شکنجه‌ها و بازداشت یک برادر دیگر، پدر و دامادشان و تهدید به بازداشت مادر و خواهرشان را فاش کرد.
نوید افکاری در این فایل‌های صوتی گفت که «وقتی از زیر فشار انفرادی و زیر زمین شکنجه‌ها که خلاص شدم و پایم که رسید به زندان به مراجع قضایی مختلف نامه نوشتم و شکایت کردم و داد زدم که من قاتل جانی نیستم و درخواست دادم که مرا به پزشکی قانونی ببرند».
او افزود «با گزارش پزشکی قانونی و شاهد عینی و مدارک دیگه ثابت شد که شکنجه شدم، هر چه لایحه نوشتم که اقرارم زیر شکنجه بوده و یک دلیل و مدرک در این پرونده لعنتی نیست که بگه ما گناهکاریم، اما نخواستند صدام رو بشنون. فهمیدم دنبال یه گردن برای طناب[دار]شان می‌گردند».
انتشار نامه و فایل‌های صوتی برادران افکاری واکنش‌های گسترده‌ای در ایران و جهان برانگیخت و پس از آن بود که نیروهای امنیتی این سه برادر به بندهای ارشاد و تنبیهی زندان عادل آباد شیراز منتقل کردند.
سه روز بعد از انتقال برادران افکاری به بندهای ارشاد و تنبیهی زندان عادل آباد، تلویزیون رسمی حکومت ایران اقدام به پخش تصاویری از اعترافات اجباری نوید افکاری کرد ولی هزاران کاربر در توییتر و دیگر شبکه‌های اجتماعی به این اقدام اعتراض کرده و هشتگ‌های حمایت از برادران افکاری را به ترند اول ایران تبدیل کردند و «اقدام صدا و سیما را سناریوی تکراری و دروغین و خجالت‌آور توصیف کردند.»
پدر و مادر نوید افکاری نیز در نامه‌ای به ابراهیم رییس قوه قضاییه با تایید شکنجه فرزندانشان، خواستند پیش از آنکه آثار ضرب و حرج در بدنشان از بین برود، توسط پزشکی قانونی معاینه شوند.
پس از ارسال این نامه بود که مدیرکل پزشکی قانونی استان فارس نوشت که «تیم ویژه سه نفره‌ای در حضور رییس کل دادگستری استان فارس نوید افکاری را معاینه کرده‌اند و بر اساس معاینات از نواحی مختلف بدن او، هیچ‌گونه آثاری دال بر شکنجه مشاهده نشده است».
به گفته مهدی محمودیان، فعال سیاسی، برادران افکاری طی تماسی با خانواده خود آنها را «از احوال خود با خبر کرده و بیان داشتند که در حضور رییس‌کل دادگستری استان فارس تحت معاینه پزشکی قانونی قرار گرفته و آسیب‌های وارده به آنها توسط پزشکان» ثبت شده است.
با وجود تمام مخالفت‌ها رئیس‌کل دادگستری فارس اعلام کرد که حکم قصاص نفس نوید افکاری متهم به قتل صبح روز شنبه 12 سپتامبر «پس از انجام تشریفات قانونی استیذان و با اصرار اولیاء دم و خانواده مقتول به مرحله اجرا گذارده شد.»
حسن یونسی وکیل نوید افکاری در صفحه توییتر خود نوشت: «بر اساس آیین نامه اجرای احکام قصاص، محکوم علیه حق دارد قبل از اجرای حکم با خانواده خود دیدار داشته باشد. برای اجرای حکم انقدر عجله داشتید که نوید را از آخرین دیدار هم محروم کردید؟»
احتمال کشته شدن نوید افکاری بر اثر شکنجه در حالی قوت گرفته است که بابک پاک‌نیا، وکیل، گفت که «من با برادر نوید افکاری صحبت کردم و از او خواستم که مدام سامانه عدل ایران را چک کند تا اگر بحث استیذان در حال انجام است، متوجه شویم» ولی «تا آنجا که در سامانه پیگیری کردیم، بحث استیذان مطرح نشده بود».
این وکیل همچنین از وجود ابهام‌های مختلف در پرونده نوید افکاری و برادرانش خبر داد و گفت: «ما تصور می‌کردیم با توجه به دو پرونده مفتوح او و استیذانی که هنوز انجام نشده، وقت این را داریم که برای پرونده نوید درخواست اعاده دادرسی مجدد دهیم و پرونده را دوباره به جریان بیندازیم».
